電子申請するためには、電子証明の取得が必要です。
まず、これがハードルになります。説明をみても、難解な言葉と専門用語が並びます。なぜ行政は、優しい言葉を使いわかりやすくという精神がないのかと、疑問におもってしまいます。
簡単な電子証明の取得を案内します
まず、電子証明は、法務局で取得することとします。
いろんな証明があるので正直なにを選ぶか？と迷うと思いますが、なにも考えなくていいです。悩むのは時間の無駄ですので、法務局で取得しましょう。
※電子認証登記所（商業登記認証局）＝商業登記に基づく電子認証制度＝法務局管轄になります。
手順 ※法務省の案内文はこちら
1.商業登記電子認証ソフトをダウンロードしインストール
ダウンロード先 http://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00027.html
インストール後 ソフトを起動し
①鍵ペアファイル
②証明書発行申請ファイル（ファイル名「SHINSEI」）
③電子証明書発行申請書 （PDF）
申請は通常本人（社長）ではなく代理人がいくとおもいますので申請は代理人とし、代理人欄に代理人氏名・住所と認印そして、委任状へ実印の押印が必要。
以上3つのファイルを作成します。
※1.期間は最長で27ヶ月になりますので、深く考えず27ヶ月を選択してください。
※2.ファイル作成のために会社情報等を入力しますので、【会社の登記簿】などで正しい情報を参照して入力が必要になります。
※3.パスワードを設定しますので、あらかじめ社内のパスワード等のルールについて確認したほうが無難です。
2.法務局への申請
法務局に上記の②証明書発行申請ファイル（ファイル名「SHINSEI」）をUSBに保存し、③電子証明書発行申請書（プリントアウトし必要事項を埋め押印したもの） と 法務局印鑑カード（会社の印鑑カード）を持参します。また、申請期間に応じ印紙売り場の窓口で印紙（27月は16，900円）を購入し貼付け申請をおこないます。電子証明発行確定票が交付されるまでの待ち時間は一時間程度です。
3.電子証明の取得
商業登記電子認証ソフトを起動し、2.で取得した発行確定票に記載のシリアル番号の入力と、1.で作成の鍵ペアファイル、パスワードを使用し取得しPCに保存します。
保存場所は、サーバー等のバックアップ体制がある場所に保管することが望ましいと思います。また、電子証明は使用するPCにインストール時にパスワードの入力が必要になりますので、忘れないようにパスワードがかかるエクセル、PDF等のファイルとともに保管することが好ましいです。ではその、ファイルのパスワードをどうするのか？という問題もありますが。。。。
以上が、電子申請に必要な電子証明の取得になります。